A Seção de Ensino A é responsável pelo ensino das disciplinas: Língua Portuguesa, Literatura e Educação Artística. Os docentes da Sec Ens A buscam desenvolver as potencialidades linguísticas do aluno, explorando as várias possibilidades de expressão do povo brasileiro, na língua, na arte e na literatura.

A Seção de Ensino B abrange as disciplinas de Matemárica e Desenho. Dentre as atividades desenvolvidas, destaca-se a preparação dos alunos para as Olimpíadas de Matemática.

A Seção de Ensino C, preocupada com a educação integral dos alunos, alia informação e formação, preocupando-se não apenas com a formação erudita, alicerçada pelos postulados científicos, como também com a formação do cidadão comprometido com a causa social.

Seção de Ensino D
(História - Geografia e iniciação à Filosofia e à Sociologia)
A Seção de Ensino D vem tendo a preocupação de revisar constantemente os Planos de Estudo - PLAEST e diversificar técnicas de ensino através de atividades como: concursos literários voltados para temáticas regionais, Olimpíadas de Astronomia no âmbito Nacional, visitações a locais históricos, análises de filmes temáticos e obras de arte e produção de textos de caráter científico.

Seção de Ensino E
A Seção de Ensino E tem como objetivo contribuir para o desenvolvimento físico, moral e intelectual dos alunos, além de estimular o congraçamento através atividades esportivas e sociais que cultuam o espírito de corpo. A Educação Física é uma atividade curricular básica . São ministradas quatro aulas semanais para o ensino fundamental e duas para o ensino médio.

Seção de Ensino F
É a Seção encarregada do ensino de línguas estrangeiras. O ensino das línguas inglesa e espanhola segue o modelo do SEAN adotado por todos os Colégios Militares do Brasil.

PREVEST
A terceira série do ensino médio - PREVEST, tem dupla função no âmbito do Colégio Militar de Salvador, a primeira, de dar continuidade à formação cognitiva e psicoemocional dos alunos na busca da formação do cidadão crítico e participativo, a segunda, de instrumentalizar os concludentes de forma a enfrentarem o desafio dos concursos vestibulares capacitando-os para os cursos e instituições almejados como UFBA, USP, UNICAMP, ITA, IME, dentre outras.

CPrep / EsPCEx
O Curso de Preparação à Escola Preparatória de Cadetes do Exército é destinado a alunos do 2° e 3° anos do CMS sendo de caráter voluntário e está estruturado para oferecer aos discentes as condições de aprovação no concurso da EsPCEx.

Seção Psicopedagógica
A Seção Psicopedagógica com suas Orientadoras Educacionais, Assistente Social e Psicólogas busca assistir o aluno não apenas acompanhando-o no rendimento escolar, como também orientando os pais e responsáveis em caso de ocorrência de situações-problemas que venham a atrapalhar o processo ensino-aprendizagem.